Pebling i København
Niels Steensen’s formelle uddannelse begyndte på latinskolen ved Vor Frue Kirke. Vi ved ikke nøjagtigt hvor gammel han var dengang, måske 10 år. I 1817 skiftede latinskolen navn til Metropolitanskolen. I 2010 ophørte Metropolitanskolen som en selvstændig institution. Kirkebygningen, som Steensen kendte som dreng, brændte ned under Napoleonskrigene, men der er stadig Vor Frue Kirke på det samme sted.
Niels Steensen var så heldig at have velkvalificerede og inspirerende lærere på latinskolen. Da han skrev sit berømte værk om øjets kirtler, dedikerede han det til to af dem: Rektor Jørgen Eilersen, og naturhistorikeren, Ole Borch. En anden vigtig indflydelse på Niels Steensen havde lægen Simon Paulli.